企业在处理印花税时，会遇到一些特殊情形，影响其计算与缴纳：
1、合同类型难界定：若合同内容复杂，涵盖多种经济行为，如一份合同同时涉及货物买卖与服务提供且未分别列明金额，根据相关规定，同一应税凭证载有两个以上税目事项并分别列明金额的，按各自税目税率计税；未分别列明的，从高适用税率。这会使企业无法准确按不同税目计算，可能因从高税率多缴税款，增加税负。
2、合同金额有争议：合同金额可能后续变更或存在争议，例如买卖合同签订后因市场价格波动调整金额。若调整后高于原金额，需补缴印花税；若低于原金额，已缴税款一般不予退还，影响应纳税额确定，增加税务处理难度。
3、优惠政策难享受：涉及税收优惠时，企业需提供额外证明材料。如某些特殊行业或特定合同有印花税减免政策，若企业符合条件却未提供充分证明，就无法享受优惠，导致多缴税款，提高税务成本。
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企业印花税的计算，需依据应税凭证的类型和金额。具体计算方式如下：
借款合同和融资租赁合同，均以合同金额（借款金额、租金金额）为计税依据，税率为万分之零点五。
买卖合同（含动产买卖合同，不包括个人书立的）和建设工程合同，计税依据为合同所列金额，税率为万分之三。
租赁合同，以及保管合同、仓储合同，计税依据为租金收入或仓储费、保管费，税率为千分之一。
财产保险合同（不包括再保险合同）和技术合同，计税依据为保险费金额或合同所列价款、报酬、使用费，税率分别为千分之一和万分之三。
产权转移书据（含土地使用权出让书据，土地使用权、房屋等建筑物和构筑物所有权转让书据（不含土地承包经营权和土地经营权转移），股权转让书据（不含应缴证券交易印花税的），商标专用权、著作权、专利权、专有技术使用权转让书据），计税依据为书据所列金额，税率为万分之三；营业账簿，计税依据为实收资本（股本）、资本公积合计金额，税率为万分之二点五。
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企业在印花税计算缴纳中，可能面临法律风险，以下为你举例说明：
1、经济损失风险：未按时缴纳可能产生罚款。比如企业签订1000万元买卖合同，按万分之三税率应缴3000元印花税。若未按期申报缴纳，根据相关规定，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收万分之五的滞纳金，还可能处不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下罚款。这会让企业除原3000元税款外，额外承担滞纳金和罚款，造成经济损失。
2、证据链风险：缺乏合同或凭证可能导致税率难确定。例如企业发生技术转让业务并书立技术合同，但因保管不善丢失合同原件，申报印花税时无法提供合同证明其税目和金额，税务机关可能难以准确确定适用税率和计税依据，影响正确计算缴纳，甚至引发税务争议。

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